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科研宝典第二季——机制研究范例(同学nature文章分析)

作者:上海吉凯基因医学科技股份有限公司 2019-08-07T13:51 (访问量:4491)

科研宝典第二季——机制研究范例(同学nature文章分析)

机制研究纠错日志发出后,获得了不少人的赞同,包括我一位硕士同学。她发了一篇nature,讨来学习后,发现思路非常清晰,很好的机制研究范文。经不住手痒,就分析下,供大家学习参考。

文章背景:天然免疫发生时会产生细胞因子,这些细胞因子除了激活免疫细胞和募集免疫细胞外,还可以影响血管的通透性。

文章中研究的细胞因子是IL-1β,这个细胞因子激活免疫细胞和募集免疫细胞,是通过已知的一条信号通路,IL-1β,MYD88,NF-kB。

题外话,免疫发生时,血管通透性会增加,这样可以使得血管中的免疫细胞出血管到达炎症部位,这个就是为啥炎症发生时,会水肿的原因之一。

文章提出问题:“IL-1β,MYD88,NF-kB”这条信号通路,对于血管的通透性是否也起到作用。(其实,提出这个问题,是因为知道了不是的了,哈哈。说故事。如果是,就发不了nature了。)


实验方案:

功能是血管通透性。

1、细胞表型检测。做的是血管通透性实验,很经典的实验。具体的参考文章。

2、分子表型检测。VE-cadherin检测。这个分子是血管内皮细胞间连接分子。这个分子的内吞会增加血管的通透性。

注意:很多功能检测,除了细胞表型检测外,最好加上分子表型检测。以从两个水平来说明功能的改变。

步骤:


一、说明IL-1β影响血管通透性不是通过“IL-1β,MYD88,NF-kB”这条在免疫中经典的信号通路。

在IL-1β存在的情况下,加了很多“IL-1β,MYD88,NF-kB”信号通路上的抑制剂,结果发现都不能抑制IL-1β对血管通透性的调控。

注意,如果这里说抑制剂是可以影响的,那么后续就必须做抑制剂靶分子的干扰了。因为干扰是定点的(两条有效片段避免脱靶问题),抑制剂是不能排除脱靶的。

加一句,这一步,做了好多工作。赞一个。在这条信号通路上,反复说明这条信号通路没有参与IL-1β对血管通透性的调控。值得我们学习。


二、既然不是这条经典通路,那么是谁呢?文章的创新点所在。

做了ARF6,ARF6可以调控粘附相关蛋白的定位,这个是报道过的。但他跟IL-1β对血管通透性的调控是否有关系,没有人报道过。

1、在HMVEC-D中加入IL-1β,检测到ARF6的改变。(ARF6与IL-1β血管通透性调控相关性研究数据。属于非疾病研究中,基因与研究问题的相关性工作。)

2、在HMVEC-D中不加IL-1β,过表达ARF6组成激活型。发现了剂量相关性的血管通透性改变。(功能实验,检测包括细胞表型和分子表型)

3、关键实验来了。在HMVEC-D中加入IL-1β,同时把ARF6干扰掉,发现IL-1β引起的通透性改变,消失了或者说减弱了。(分子功能相关实验,很重要的实验。我把这个叫rescue实验,简单描述见“课题设计思路”机制探讨,2中的b部分。)


三、机制。既然ARF6在其中起到作用,那么机制是咋样的呢。

找到了ARNO。注意,干扰掉ARNO的表型跟干扰掉ARF6的表型一致。是不是很眼熟,见“课题设计思路”机制探讨,2中的a部分。

最后是直接互作数据,论述了ARNO与MYD88的关系。把IL-1β到IL-1R到MYD88到ARNO,一步一步说清楚了。从IL-1β到IL-1R到MYD88是已经知道的,往前推进了一步,到ARNO了。

当然,高大上的研究是不能少了动物实验的。具体大家看文章。

水平有限,不知道分析是否有错误。希望大家指正。

机制研究纠错日志发出后,获得了不少人的赞同,包括我一位硕士同学。她发了一篇nature,讨来学习后,发现思路非常清晰,很好的机制研究范文。经不住手痒,就分析下,供大家学习参考。


文章背景:天然免疫发生时会产生细胞因子,这些细胞因子除了激活免疫细胞和募集免疫细胞外,还可以影响血管的通透性。

文章中研究的细胞因子是IL-1β,这个细胞因子激活免疫细胞和募集免疫细胞,是通过已知的一条信号通路,IL-1β,MYD88,NF-kB。

题外话,免疫发生时,血管通透性会增加,这样可以使得血管中的免疫细胞出血管到达炎症部位,这个就是为啥炎症发生时,会水肿的原因之一。

文章提出问题:“IL-1β,MYD88,NF-kB”这条信号通路,对于血管的通透性是否也起到作用。(其实,提出这个问题,是因为知道了不是的了,哈哈。说故事。如果是,就发不了nature了。)


实验方案:

功能是血管通透性。

1、细胞表型检测。做的是血管通透性实验,很经典的实验。具体的参考文章。

2、分子表型检测。VE-cadherin检测。这个分子是血管内皮细胞间连接分子。这个分子的内吞会增加血管的通透性。

注意:很多功能检测,除了细胞表型检测外,最好加上分子表型检测。以从两个水平来说明功能的改变。

步骤:


一、说明IL-1β影响血管通透性不是通过“IL-1β,MYD88,NF-kB”这条在免疫中经典的信号通路。

在IL-1β存在的情况下,加了很多“IL-1β,MYD88,NF-kB”信号通路上的抑制剂,结果发现都不能抑制IL-1β对血管通透性的调控。

注意,如果这里说抑制剂是可以影响的,那么后续就必须做抑制剂靶分子的干扰了。因为干扰是定点的(两条有效片段避免脱靶问题),抑制剂是不能排除脱靶的。

加一句,这一步,做了好多工作。赞一个。在这条信号通路上,反复说明这条信号通路没有参与IL-1β对血管通透性的调控。值得我们学习。


二、既然不是这条经典通路,那么是谁呢?文章的创新点所在。

做了ARF6,ARF6可以调控粘附相关蛋白的定位,这个是报道过的。但他跟IL-1β对血管通透性的调控是否有关系,没有人报道过。

1、在HMVEC-D中加入IL-1β,检测到ARF6的改变。(ARF6与IL-1β血管通透性调控相关性研究数据。属于非疾病研究中,基因与研究问题的相关性工作。)

2、在HMVEC-D中不加IL-1β,过表达ARF6组成激活型。发现了剂量相关性的血管通透性改变。(功能实验,检测包括细胞表型和分子表型)

3、关键实验来了。在HMVEC-D中加入IL-1β,同时把ARF6干扰掉,发现IL-1β引起的通透性改变,消失了或者说减弱了。(分子功能相关实验,很重要的实验。我把这个叫rescue实验,简单描述见“课题设计思路”机制探讨,2中的b部分。)


三、机制。既然ARF6在其中起到作用,那么机制是咋样的呢。

找到了ARNO。注意,干扰掉ARNO的表型跟干扰掉ARF6的表型一致。是不是很眼熟,见“课题设计思路”机制探讨,2中的a部分。

最后是直接互作数据,论述了ARNO与MYD88的关系。把IL-1β到IL-1R到MYD88到ARNO,一步一步说清楚了。从IL-1β到IL-1R到MYD88是已经知道的,往前推进了一步,到ARNO了。

当然,高大上的研究是不能少了动物实验的。具体大家看文章。


水平有限,不知道分析是否有错误。希望大家指正。
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