鉴定翻译后修饰的蛋白质，找出修饰类型和位点，并对修饰蛋白进行功能分析，获得其在信号转导途径中的功能等信息。

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蛋白全谱分析是指蛋白质组分分析，是以完整的组织、血液或体液等复杂样本为研究对象，目的在于识别出样品中尽可能多的肽段和蛋白质。

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bottom-up分析策略：存在于溶液或者凝胶电泳条带中的蛋白质经过蛋白酶（如胰蛋白酶）酶解消化成较小肽段片段，再进入质量分析器，最后通过肽指纹图谱或者串联质谱法进行肽段鉴定。

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蛋白质糖基化位点鉴定最常用的是多级质谱法，蛋白质经Trypsin酶切消化成肽段后，再用PNGase F进行糖链的酶切，得到肽段和糖链两个部分。对于肽段，通过高分辨一级质谱可发现与肽段分子量理论值比较存在0.986Da的质量漂移，则可确定发生了糖基化，二级质谱同时可测定中性

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Western blot 检测不同样品之间某种蛋白的表达差异，包括磷酸化蛋白的检测。

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对Mascot和EQUEST等搜索引擎的结果进行质量控制，货期数量更多的高可靠的肽段和蛋白质鉴定结果

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实验外包，蛋白相关实验

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