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10X genomics单细胞、单分子、转录组服务已在中华区开始啦!

作者:上海仁科生物科技有限公司 2016-07-18T12:59 (访问量:7039)

Chromium™ 系统

 
一个系统,一套工作流程,强大的测序应用
 
  10x genomics公司推出了最新的Chromium™系统。利用上千万独特的DNA序列标记的GEMs,Chromium系统可揭示重要的基因组信息。

 

技术流程

微反应体系(Partitioning)与DNA序列标记(barcode)

 

  1.将样本分配到100,000s到1000,000s微反应体系,每个微反应体系含有一种特定的DNA序列标记。
  2.含有barcode信息的凝胶珠子首先与样品和酶的混合物混合,然后与位于微流体“双十字”连接中的油表面活性剂溶液结合。
  3.GEMs 流到储液器中并进行收集。凝胶珠子溶解释放barcode序列,开始对样本进行标记。将每个液滴中含有barcode信息的产物混合。然后构建标准测序文库。
 
三大应用
 
Chromium™ 基因组
 
人类基因组Resequencing
 
  可提供超长片段的全基因组信息,进行突变检出、单倍体分型和基因组结构鉴定。能够揭示遗传性疾病关键的变异,并发现与癌症相关的关键改变。
新物种基因组的Denovo Assembly
  利用Supernova™ Assembler系统可发现真实的基因组信息,并且成本低,质量高。不需要任何类型的参考序列,即可揭示样本特异性序列,研究二倍体基因组结构。
技术原理
  1.通过低水平的酶促反应进行基因组扩增来添加barcode信息。

  2.相同barcode的reads起源于同一个GEMs。
2.相同barcode的reads起源于同一个GEMs。
 

 

技术优势
 
  1.单个文库即可获得大量标记的油滴和完整的基因组信息(1ng input)

  2.揭开之前难以鉴定的基因组区域以及隐藏的关键基因突变

  3.将基因组分为多个兆碱基(Mbp)的单倍体连续区(phase blocks)

  4.进行兆碱基(Mbp)级别二倍体组装并不需要参考序列

 

Chromium™ 单细胞 3’
 
高通量单细胞RNA测序
 
  利用Chromium Single Cell 3',在细胞水平进行高通量数字化基因表达谱分析,可对复杂细胞群进行深入分析。正确揭开复杂群体异质性的关键是能够分辨单个细胞。Chromium单细胞3’可进行1000至10000s个单细胞转录组分析
技术原理
  1.mRNA逆转录产生带有barcode信息的cDNA

  2.通过barcode信息识别起源于单个细胞的转录物,然后计数。

技术优势
 
  1.有效的捕获每个细胞中成千上万的表达基因

  2.差异表达基因识别细胞周期

  3.包含单细胞的油滴多重态率较低
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