复孔的重现性往往事关实验结果的可信度,“复孔平台期信号高低不一,我的Ct值会不会受影响?”——几乎每一个刚接触qPCR的实验者都曾指着屏幕里分叉的终点荧光信号发出灵魂拷问。今天,本文将深入解答这一疑问:复孔平台期信号差异究竟会不会影响实验结果?
要想解决这个问题,先来了解下什么是平台期。通常,在理想情况下,PCR扩增应遵循每循环DNA量翻倍的指数增长规律。然而在实际反应中,随着循环数增加,反应组分如Taq酶、dNTP和引物逐渐消耗,同时副产物不断积累,导致扩增效率逐渐下降,扩增曲线呈现典型的“S”型,可划分为基线期、指数增长期和平台期三个阶段。
一 基线期
通常为反应开始后的前3至15个循环。此阶段,扩增产物量较少,荧光信号强度尚未超过仪器背景水平,因此无法检测到到有效的荧光信号变化。
二 指数增长期
是扩增效率最高的阶段,接近理论上的指数增长。该阶段扩增差异尚未显著放大,复孔之间的荧光信号较为一致。通常将荧光阈值设定于该区间,当荧光信号超过阈值时对应的循环数即为Ct值。此时,复孔间的Ct值重复性良好,一般要求△Ct小于0.5。
三 平台期
出现在扩增后期,此时反应组分大量消耗,副产物抑制作用增强,扩增速率显著减缓。累积的微小差异被进一步放大,不同复孔在平台期的荧光信号可能出现较大差异,因此该阶段的信号数据通常不用于定量比较。

图1. 扩增曲线的三个阶段
以下图(图2)为例,将293T-cDNA为模板,扩增GAPDH基因,90个复孔。

图2. 同一样品的90个复孔扩增曲线图
由图可见,该实验的复孔重复性非常好,△Ct<0.5,符合MIQE标准,数据有效,但平台期的荧光信号值均有差异。
因此,数据的有效性和复孔平台期荧光信号关系不大,主要与复孔间的△Ct有关,MIQE标准是△Ct<0.5。
在复孔△Ct<0.5的情况下,复孔平台期不同并不影响实验结果,那有没有办法可以让复孔平台期荧光信号尽量一致呢?
1. 确保加样的准确性:1)qPCR各组分完全化冻后需要混匀;2)采用预混的方式进行加样,保证体系的均一性,可以将除模板以外的试剂进行预混,分注至各管中;3)模板浓度高时,可将模板稀释,提高加样体积,减少加样误差。
2. 确保移液的精准度:加样过程需确保移液枪未出现漏气、漏液的情况,避免使用精准度差的移液枪或者不配套的枪头。
3. 体系混匀并进行离心:体系加完后要用移液枪吹打并进行离心,以防试剂挂壁或者体系中有气泡造成实验结果不准确。
4. qPCR试剂的选择:选择“预混液”形式的qPCR试剂,反应体系只需加入引物和模板,大大简化实验的操作步骤,减少了加样误差。
读完本篇文章,相信你就不会再纠结复孔平台期信号不同的问题了。
四 产品推荐
即使加样1000管,也能保证体系的正确配置
—可示踪qPCR染料法预混液2×Color qPCR Fluore Green Master Mix (No/Low/High ROX)(Cat#N132134/N132135/N132136)

图 Arcegen qPCR体系配置清晰示踪图
蓝色:单试剂体系;黄色:单模板体系;绿色:完全体系/上机体系
产品特点:
移液追踪:即使手动加样1000管,也能保证体系的正确配置
扩增优异:在7个数量级线性范围内展现良好的线性
精准度好:可精准区分2倍浓度差异模板
重复性好:101数量级拷贝质粒,20复孔偏差SD<0.2
稳定可靠:反应体系可于常温放置24小时,产品反复冻融20次性能如常
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